合伙办学款被盗且剩余款项被侵占，应立即报警，收集相关证据，通过法律途径，如向法院提起民事诉讼或刑事自诉，来维护自身合法权益。
当遭遇合伙办学款被盗以及剩余款项被侵占的情况时，首先要保持冷静，并迅速采取一系列有效的措施来解决问题。
第一步，及时报警。向当地公安机关详细陈述事情的经过、被盗和被侵占的金额、相关的线索等信息。警方的介入能够启动刑事侦查程序，对犯罪行为进行调查和追究。这不仅有助于追回被盗和被侵占的款项，还能对违法犯罪者予以应有的法律制裁。
第二步，全面收集证据。这包括但不限于合伙办学的协议、资金往来的记录、账目明细、沟通的邮件、短信、微信记录等。这些证据能够清晰地呈现款项的来源、用途以及被盗和被侵占的情况，为后续的法律行动提供有力的支持。
接下来，如果情况符合刑事立案标准，那么就等待公安机关的侦查结果，并积极配合其工作。如果公安机关认为不构成刑事犯罪，或者在刑事程序之外，还可以考虑通过民事诉讼的途径来解决。
在民事诉讼中，依据合伙办学协议等相关约定，明确各方的权利和义务，主张返还被盗和被侵占的款项，并可能要求赔偿因此造成的损失。在诉讼过程中，需要充分展示所收集的证据，以证明自己的主张。
同时，要注意法律程序中的时效问题，避免因超过时效而导致权益无法得到有效保护。此外，还可以寻求专业律师的帮助，律师能够凭借其专业知识和经验，为您制定合理的维权策略，提高维权的成功率。
总之，面对合伙办学款被盗和被侵占的复杂情况，要果断采取行动，依靠法律的力量来维护自己的合法权益，争取最大程度地挽回损失。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百六十四条、第二百七十一条
