包庇纵容黑社会性质组织罪的立案标准包括多次或者长期包庇纵容、包庇纵容多个黑社会性质组织、因包庇纵容行为造成严重后果等。
包庇纵容黑社会性质组织罪是指国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的行为。其立案标准主要涵盖以下几个方面。
首先，多次实施包庇、纵容行为的。这里的“多次”，一般指三次以上实施包庇、纵容黑社会性质组织的行为。多次的行为表现反映出行为人主观上的故意以及对黑社会性质组织犯罪活动的支持态度。
其次，包庇、纵容多个黑社会性质组织的。即使每个组织的犯罪活动次数或情节相对较轻，但由于涉及多个组织，其危害程度累加，达到了需要刑事追究的程度。
再者，如果因包庇、纵容行为致使某一区域或者行业的经济、社会生活秩序遭受黑社会性质组织特别严重破坏的，也应当立案。这意味着包庇纵容行为导致了显著的恶劣影响，严重扰乱了正常的社会秩序和经济运行。
此外，致使黑社会性质组织的组织者、领导者逃匿，或者致使对黑社会性质组织的查禁工作严重受阻的，同样构成立案标准。这种情况下，包庇纵容行为直接妨碍了对黑社会性质组织的打击和查处，加大了打击犯罪的难度和成本。
需要注意的是，对于包庇纵容黑社会性质组织罪的认定，需要综合考虑行为人的主观故意、行为的次数和性质、造成的后果等多方面因素。同时，法律的适用要严格依据相关的法律法规和司法解释，以确保准确、公正地打击犯罪，维护社会的公平正义和法治秩序。
法律依据：
《刑法》第二百九十四条 组织、领导黑社会性质的组织的，处七年以上有期徒刑，并处没收财产；积极参加的，处三年以上七年以下有期徒刑，可以并处罚金或者没收财产；其他参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，可以并处罚金。
境外的黑社会组织的人员到中华人民共和国境内发展组织成员的，处三年以上十年以下有期徒刑。
国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的，处五年以下有期徒刑；情节严重的，处五年以上有期徒刑。
