非法持有国家机密文件罪的处罚，一般根据犯罪情节的轻重而定。情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。
非法持有国家机密文件罪是指非法持有属于国家机密的文件，拒不说明来源与用途的行为。对于此罪的处罚，主要依据《中华人民共和国刑法》的相关规定。
首先，需要明确“国家机密文件”的范畴。这包括那些关系到国家安全和利益，在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项，依照法定程序确定，并在一定时间内受法律保护的文件。
在判断犯罪情节是否严重时，会综合考虑多个因素。比如，非法持有的国家机密文件的数量、密级高低、涉及领域的重要性，以及持有行为对国家安全可能造成的潜在危害等。
如果情节严重，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。这里的“情节严重”，通常包括持有大量重要的国家机密文件，或者持有文件的内容涉及国家安全的关键领域，且持有行为可能给国家造成较大的安全隐患等。
需要指出的是，法律对于国家机密的保护是非常严格的，任何非法持有、泄露等行为都会受到法律的制裁。其目的在于维护国家安全和社会稳定，保障国家的各项事业能够在安全的环境中顺利进行。
在司法实践中，对于此类犯罪的认定和处罚，都需要严格遵循法律程序和证据规则，确保公正、公平地处理每一起案件，以维护法律的尊严和社会的公共利益。
总之，非法持有国家机密文件罪的处罚力度是与犯罪行为的性质、情节和社会危害程度相适应的，旨在通过法律的威慑力，保护国家机密的安全。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百八十二条 以窃取、刺探、收买方法，非法获取国家秘密的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
非法持有属于国家绝密、机密的文件、资料或者其他物品，拒不说明来源与用途的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。
