不起诉一般不会留案底。
不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉、存疑不起诉三种情况。
法定不起诉，是指犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。这种情况下，由于根本不存在犯罪事实，自然不会留下案底。
酌定不起诉，是指犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在此种情形下，虽然犯罪嫌疑人的行为构成犯罪，但因情节轻微等原因被不起诉，通常也不会留下案底。
存疑不起诉，是指对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。这种情况是因为证据不足而无法确定犯罪事实，同样不会留下案底。
需要注意的是，案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。如果只是被侦查机关调查，但最终未被起诉，在正常情况下，不会被纳入犯罪记录的范畴。然而，在某些特殊的系统或程序中，可能会有相关的调查记录，但这并不等同于有案底。案底对个人的影响较大，包括就业、参军、考公务员等方面可能会受到限制。所以，对于是否会留下案底的问题，需要根据具体的不起诉类型和相关法律法规来准确判断。
法律依据：
《刑事诉讼法》第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
