擅自发行股票、公司、企业债券罪的处罚，一般处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前述规定处罚。
擅自发行股票债券罪，是指未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的行为。
在确定具体的处罚时，会综合考虑多个因素，包括但不限于擅自发行的数额大小、对投资者造成的损失程度、犯罪人的主观恶性、犯罪后的表现等。如果擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。
所谓“数额巨大”，通常是指发行数额在 50 万元以上。“后果严重”，比如给投资者造成了重大的经济损失，严重影响了金融秩序等。“其他严重情节”，例如多次擅自发行股票债券，或者在被有关部门制止后仍继续擅自发行等。
如果是单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照上述个人犯罪的规定处罚。这意味着单位犯罪的，不仅单位要承担罚金的责任，相关责任人员也要为其行为承担相应的刑事责任。
需要注意的是，法律的具体适用和处罚的轻重，最终由司法机关根据案件的具体情况，依据法律的规定和相关的司法解释来确定。同时，随着经济社会的发展和法律的修订完善，对于此罪的认定和处罚也可能会有所变化。在实际的法律实践中，要严格依照现行有效的法律法规和司法解释来准确判断和处理此类犯罪行为。
法律依据：
《刑法》第一百七十九条
